Publications Archive

Metagenomic characterization reveals virus coinfections associated with Newcastle disease virus among poultry in Kenya

  • Panyako, P.M.
  • Ommeh, S.C.
  • Kuria, S.N.
  • Lichoti, J.K.
  • Musina, J.
  • Nair, V.
  • Nene, Vishvanath M.
  • Oyola, Samuel O.
  • Munir, M.

A pan-African pathogen genomics data sharing platform to support disease outbreaks

  • Christoffels, A.
  • Mboowa, G.
  • Heusden, P. van
  • Makhubela, S.
  • Githinji, G.
  • Mwangi, S.
  • Onywera, H.
  • Nnaemeka, N.
  • Amoako, D.G.
  • Olawoye, I.
  • Diallo, A.
  • Mbala-Kingebeni, P.
  • Oyola, Samuel O.
  • Adu, B.
  • Mvelase, C.
  • Ondoa, P.
  • Dratibi, F.A.
  • Sow, A.
  • Gumede, N.
  • Tessema, S.K.
  • Ouma, A.O.
  • Tebeje, Y.K.

Molecular epidemiology and diversity of SARS-CoV-2 in Ethiopia, 2020–2022

  • Sisay, A.
  • Tshiabuila, D.
  • Wyk, S. van
  • Tesfaye, A.
  • Mboowa, G.
  • Oyola, Samuel O.
  • Tesema, S.K.
  • Baxter, C.
  • Martin, D.
  • Lessells, R.
  • Tegally, H.
  • Moir, M.
  • Giandhari, J.
  • Pillay, S.
  • Singh, L.
  • Ramphal, Y.
  • Maharaj, A.
  • Pillay, Y.
  • Naidoo, Y.
  • Ramphal, U.
  • Chabuka, L.
  • Wilkinson, E.
  • Oliveira, T. de
  • Desta, A.F.
  • San, J.E.

Using multiplex amplicon PCR technology to efficiently and timely generate Rift Valley fever virus sequence data for genomic surveillance

  • Juma, John
  • Konongoi, Samson L.
  • Nsengimana, I.
  • Mwangi, Reuben
  • Akoko, James M.
  • Nyamota, Richard
  • Muli, Collins
  • Dobi, Paul O.
  • Kiritu, Edward
  • Osiany, Shebbar
  • Onwong’a, A.A.
  • Gachogo, R.W.
  • Sang, R.
  • Christoffels, A.
  • Roesel, Kristina
  • Bett, Bernard K.
  • Oyola, Samuel O.

Genomic surveillance of Rift Valley fever virus: From sequencing to lineage assignment

  • Juma, John
  • Fonseca, V.
  • Konongoi, Samson L.
  • Heusden, P. van
  • Roesel, Kristina
  • Sang, R.
  • Bett, Bernard K.
  • Christoffels, A.
  • Oliveira, T. de
  • Oyola, Samuel O.

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

  • Tegally, H.
  • San, J.E.
  • Cotten, M.
  • Moir, M.
  • Tegomoh, B.
  • Mboowa, G.
  • Martin, D.P.
  • Baxter, C.
  • Lambisia, A.W.
  • Diallo, A.
  • Amoako, D.G.
  • Diagne, M.M.
  • Sisay, A.
  • Zekri, AN.
  • Gueye, A.S.
  • Sangare, A.K.
  • Ouedraogo, A.S.
  • Sow, A.
  • Musa, A.O.
  • Sesay, A.K.
  • Abias, A.G.
  • Elzagheid, A.I.
  • Lagare, A.
  • Kemi, A.S.
  • Abar, A.E.
  • Johnson, A.A.
  • Fowotade, A.
  • Oluwapelumi, A.O.
  • Amuri, A.A.
  • Juru, A.
  • Kandeil, A.
  • Mostafa, A.
  • Rebai, A.
  • Sayed, A.
  • Kazeem, A.
  • Balde, A.
  • Christoffels, A.
  • Trotter, A.J.
  • Campbell, A.
  • Keita, A.K.
  • Koné, A.
  • Bouzid, A.
  • Souissi, A.
  • Agweyu, A.
  • Naguib, A.
  • Gutierrez, A.V.
  • Nkeshimana, A.
  • Page, A.J.
  • Yadouleton, A.
  • Vinze, A.
  • Happi, A.N.
  • Chouikha, A.
  • Iranzadeh, A.
  • Maharaj, A.
  • Batchi-Bouyou, A.L.
  • Ismail, A.
  • Sylverken, A.A.
  • Goba, A.
  • Femi, A.
  • Sijuwola, A.E.
  • Marycelin, B.
  • Salako, B.L.
  • Oderinde, B.S.
  • Bolajoko, B.
  • Diarra, B.
  • Herring, B.L.
  • Tsofa, B.
  • Lekana-Douki, B.
  • Mvula, B.
  • Njanpop-Lafourcade, B.M.
  • Marondera, B.T.
  • Khaireh, B.A.
  • Kouriba, B.
  • Adu, B.
  • Pool, B.
  • McInnis, B.
  • Brook, C.
  • Williamson, C.
  • Nduwimana, C.
  • Anscombe, C.
  • Pratt, C.B.
  • Scheepers, C.
  • Akoua-Koffi, C.G.
  • Agoti, C.N.
  • Mapanguy, C.M.
  • Loucoubar, C.
  • Onwuamah, CK.
  • Ihekweazu, C.
  • Malaka, C.N.
  • Peyrefitte, C.
  • Grace, C.
  • Omoruyi, C.E.
  • Rafaï, C.D.
  • Morang'a, C.M.
  • Erameh, C.
  • Lule, D.B.
  • Bridges, D.J.
  • Mukadi-Bamuleka, D.
  • Park, D.
  • Rasmussen, D.A.
  • Baker, D.
  • Nokes, D.J.
  • Ssemwanga, D.
  • Tshiabuila, D.
  • Amuzu, D.S.Y.
  • Goedhals, D.
  • Grant, D.S.
  • Omuoyo, D.O.
  • Maruapula, D.
  • Wanjohi, D.W.
  • Foster-Nyarko, E.
  • Lusamaki, E.K.
  • Simulundu, E.
  • Ong'era, E.M.
  • Ngabana, E.N.
  • Okoth, Edward A.
  • Otieno, E.
  • Shumba, E.
  • Barasa, E.
  • Ahmed, E.B.
  • Ahmed, E.A.
  • Lokilo, E.
  • Mukantwari, E.
  • Philomena, E.
  • Belarbi, E.
  • Simon-Loriere, E.
  • Anoh, EA.
  • Manuel, E.
  • Leendertz, F.
  • Taweh, F.M.
  • Wasfi, F.
  • Abdelmoula, F.
  • Takawira, F.T.
  • Derrar, F.
  • Ajogbasile, F.V.
  • Treurnicht, F.
  • Onikepe, F.
  • Ntoumi, F.
  • Muyembe, F.M.
  • Ragomzingba, F.E.Z.
  • Dratibi, F.A.
  • Iyanu, F.A.
  • Mbunsu, G.K.
  • Thilliez, G.
  • Kay, G.L.
  • Akpede, G.O.
  • Zyl, G.U. van
  • Awandare, G.A.
  • Kpeli, G.S.
  • Schubert, G.
  • Maphalala, G.P.
  • Ranaivoson, H.C.
  • Omunakwe, H.E.
  • Onywera, H.
  • Abe, H.
  • Karray, H.
  • Nansumba, H.
  • Triki, H.
  • Kadjo, H.A.A.
  • Elgahzaly, H.
  • Gumbo, H.
  • Mathieu, H.
  • Kavunga-Membo, H.
  • Smeti, I.
  • Olawoye, I.B.
  • Adetifa, I.M.O.
  • Odia, I.
  • Ben, Boubaker, I.B.
  • Mohammad, I.A.
  • Ssewanyana, I.
  • Wurie, I.
  • Konstantinus, I.S.
  • Halatoko, J.W.A.
  • Ayei, J.
  • Sonoo, J.
  • Makangara, J.C.
  • Tamfum, J.M.
  • Heraud, J.M.
  • Shaffer, J.G.
  • Giandhari, J.
  • Musyoki, J.
  • Nkurunziza, J.
  • Uwanibe, J.N.
  • Bhiman, J.N.
  • Yasuda, J.
  • Morais, J.
  • Kiconco, J.
  • Sandi, J.D.
  • Huddleston, J.
  • Odoom, J.K.
  • Morobe, J.M.
  • Gyapong, J.O.
  • Kayiwa, J.T.
  • Okolie, J.C.
  • Xavier, J.S.
  • Gyamfi, J.
  • Wamala, J.F.
  • Bonney, J.H.K.
  • Nyandwi, J.
  • Everatt, J.
  • Nakaseegu, J.
  • Ngoi, J.M.
  • Namulondo, J.
  • Oguzie, J.U.
  • Andeko, JC.
  • Lutwama, J.J.
  • Mogga, J.J.H.
  • O'Grady, J.
  • Siddle, KJ.
  • Victoir, K.
  • Adeyemi, K.T.
  • Tumedi, K.A.
  • Carvalho, KS.
  • Mohammed, K.S.
  • Dellagi, K.
  • Musonda, K.G.
  • Duedu, K.O.
  • Fki-Berrajah, L.
  • Singh, L.
  • Kepler, L.M.
  • Biscornet, L.
  • Oliveira, Martins, L. de
  • Chabuka, L.
  • Olubayo, L.
  • Ojok, L.D.
  • Deng, L.L.
  • Ochola-Oyier, L.I.
  • Tyers, L.
  • Mine, M.
  • Ramuth, M.
  • Mastouri, M.
  • ElHefnawi, M.
  • Mbanne, M.
  • Matsheka, M.I.
  • Kebabonye, M.
  • Diop, M.
  • Momoh, M.
  • Lima, Mendonça, M.D.L.
  • Venter, M.
  • Paye, M.F.
  • Faye, M.
  • Nyaga, M.M.
  • Mareka, M.
  • Damaris, M.M.
  • Mburu, M.W.
  • Mpina, M.G.
  • Owusu, M.
  • Wiley, M.R.
  • Tatfeng, M.Y.
  • Ayekaba, M.O.
  • Abouelhoda, M.
  • Beloufa, M.A.
  • Seadawy, M.G.
  • Khalifa, M.K.
  • Matobo, M.M.
  • Kane, M.
  • Salou, M.
  • Mbulawa, M.B.
  • Mwenda, M.
  • Allam, M.
  • Phan, M.V.T.
  • Abid, N.
  • Rujeni, N.
  • Abuzaid, N.
  • Ismael, N.
  • Elguindy, N.
  • Top, N.M.
  • Dia, N.
  • Mabunda, N.
  • Hsiao, N.Y.
  • Silochi, N.B.
  • Francisco, N.M.
  • Saasa, N.
  • Bbosa, N.
  • Murunga, N.
  • Gumede, N.
  • Wolter, N.
  • Sitharam, N.
  • Ndodo, N.
  • Ajayi, N.A.
  • Tordo, N.
  • Mbhele, N.
  • Razanajatovo, N.H.
  • Iguosadolo, N.
  • Mba, N.
  • Kingsley, O.C.
  • Sylvanus, O.
  • Femi, O.
  • Adewumi, O.M.
  • Testimony, O.
  • Ogunsanya, O.A.
  • Fakayode, O.
  • Ogah, O.E.
  • Oludayo, O.E.
  • Faye, O.
  • Smith-Lawrence, P.
  • Ondoa, P.
  • Combe, P.
  • Nabisubi, P.
  • Semanda, P.
  • Oluniyi, P.E.
  • Arnaldo, P.
  • Quashie, P.K.
  • Okokhere, P.O.
  • Bejon, P.
  • Dussart, P.
  • Bester, P.A.
  • Mbala, P.K.
  • Kaleebu, P.
  • Abechi, P.
  • El-Shesheny, R.
  • Joseph, R.
  • Aziz, R.K.
  • Essomba, R.G.
  • Ayivor-Djanie, R.
  • Njouom, R.
  • Phillips, R.O.
  • Gorman, R.
  • Kingsley, R.A.
  • Neto Rodrigues, R.M.D.E.S.A.
  • Audu, R.A.
  • Carr, R.A.A.
  • Gargouri, S.
  • Masmoudi, S.
  • Bootsma, S.
  • Sankhe, S.
  • Mohamed, S.I.
  • Femi, S.
  • Mhalla, S.
  • Hosch, S.
  • Kassim, S.K.
  • Metha, S.
  • Trabelsi, S.
  • Agwa, S.H.
  • Mwangi, S.W.
  • Doumbia, S.
  • Makiala-Mandanda, S.
  • Aryeetey, S.
  • Ahmed, S.S.
  • Ahmed, S.M.
  • Elhamoumi, S.
  • Moyo, S.
  • Lutucuta, S.
  • Gaseitsiwe, S.
  • Jalloh, S.
  • Andriamandimby, S.F.
  • Oguntope, S.
  • Grayo, S.
  • Lekana-Douki, S.
  • Prosolek, S.
  • Ouangraoua, S.
  • Wyk, S. van
  • Schaffner, S.F.
  • Kanyerezi, S.
  • Ahuka-Mundeke, S.
  • Rudder, S.
  • Pillay, S.
  • Nabadda, S.
  • Behillil, S.
  • Budiaki, S.L.
  • Werf, S. van der
  • Mashe, T.
  • Mohale, T.
  • Le-Viet, T.
  • Velavan, T.P.
  • Schindler, T.
  • Maponga, T.G.
  • Bedford, T.
  • Anyaneji, U.J.
  • Chinedu, U.
  • Ramphal, U.
  • George, U.E.
  • Enouf, V.
  • Nene, Vishvanath M.
  • Gorova, V.
  • Roshdy, W.H.
  • Karim, W.A.
  • Ampofo, W.K.
  • Preiser, W.
  • Choga, W.T.
  • Ahmed, Y.A.
  • Ramphal, Y.
  • Bediako, Y.
  • Naidoo, Y.
  • Butera, Y.
  • Laurent, Z.R. de
  • Africa Pathogen Genomics Initiative
  • Ouma, A.E.O.
  • Gottberg, A. von
  • Githinji, G.
  • Moeti, M.
  • Tomori, O.
  • Sabeti, P.C.
  • Sall, A.A.
  • Oyola, Samuel O.
  • Tebeje, Y.K.
  • Tessema, S.K.
  • Oliveira, T. de
  • Happi, C.
  • Lessells, R.
  • Nkengasong, J.
  • Wilkinson, E.

Rift Valley fever virus lineages from selected sites in Kenya, 1997–2020

  • Limbaso, K.
  • Juma, John
  • Langat, S.
  • Roesel, Kristina
  • Sang, R.
  • Bett, Bernard K.
  • Oyola, Samuel O.

Genomic surveillance of Rift Valley fever virus

  • Juma, John
  • Fonseca, V.
  • Limbaso, K.
  • Heusden, P. van
  • Roesel, Kristina
  • Sang, R.
  • Bett, Bernard K.
  • Christoffels, A.
  • Oliveira, T. de
  • Oyola, Samuel O.

Whole-genome sequencing of SARS-CoV-2 reveals diverse mutations in circulating Alpha and Delta variants during the first, second and third waves of COVID-19 in South Kivu, east of the Democratic Republic of Congo

  • Ntagereka, P.B.
  • Oyola, Samuel O.
  • Baenyi, S.P.
  • Rono, Gilbert K.
  • Birindwa, A.B.
  • Shukuru, D.W.
  • Baharanyi, T.C.
  • Kashosi, T.M.
  • Buhendwa, J.C.
  • Bisimwa, P.B.
  • Kusinza, A.B.
  • Basengere, R.A.
  • Mukwege, D.